生信文献篇26韩国人的乳腺癌

00文章信息

「英文标题：Multi-omicsprofilingofyoungerAsianbreastcancersrevealsdistinctivemolecularsignatures」

「中文标题：亚洲年轻乳腺癌的多组分析揭示了独特的分子特征」

「期刊：」《NatCommun》

「影响因子：」12.「发表时间：」Apr30

「研究领域：」乳腺癌

「DOI号：」10./s---4

01文献概述SUMMARY02文章背景

乳腺癌（BC）在死亡率仍然很高。由于各国的具体趋势差异很大，而且可能与全球趋势不同，全世界发病率和死亡率也大不相同。近年来亚太地区的国家BC发病率迅速上升使亚洲乳腺癌作为一个独特的患者群体得到了越来越多的重视。众所周知，发生在年轻患者(YBC)中的乳腺癌更具侵袭性，复发和死亡的风险也更高，YBC结果更差的主要原因仍未确定

到目前为止，没有一项研究同时包括年轻的、绝经前的亚洲BCs的基因组和转录组，进行了多组学分析。目前尚不清楚年轻的亚洲BCs与西方国家的BCs有哪些分子差异

所以作者就做了如下研究：对大量在年轻绝经前患者中富集的亚洲BCs进行了完整的外显子组和转录组图谱分析。然后系统地比较了队列和基准BC队列中不同类别的分子特征，并能够识别出分子亚型分布、影响癌基因的突变流行率以及突变和基因表达特征方面的显著差异。

03实验流程1.文章的实验设计两个cohort的病人年龄及亚型区别

胚系遗传性的致病突变

somatic突变

突变的signature

NMF模拟显微切割

差异分析及功能注释

2.数据上传在EGAS和GSE

04实验结果1.Overviewofmulti-omicsprofilingdata

多组学分析数据概述

TCGA计划里面有个美国乳腺癌患者，而作者是SMC里面有个患者，都是WES数据加上RNA-seq数据。

首先TCGA按照年龄分3类

YBC(age?≤?40,n?=?)；IBC(40??age?≤?60,n?=?)；OBC(age??60,n?=?).

然后韩国人的研究分2类

YBC(age?≤?40,n?=?)；IBC(age??40,n?=?62)

可以看到区别很明显，如下；

2.Molecularsubtypeclassificationanddistribution

分子亚型分类和分布

根据IHC(a，e)、NMC(b，f)、PAM50(c，g)和Consensus(d，h)方法对SMC(a-d)和TCGA(e-h)进行分子亚型分类。

SMC中ER+/HER2+亚型的比例明显高于TCGA，而ER+亚型的比例低于TCGA。SMC中LuminalA亚型的比例明显低于TCGA，而B型的比例明显高于TCGA。

SMC中的大多数管腔病例为LuminalB(58%)，而TCGA中的管腔病例大部分为管腔LuminalA(57%)

SMC中IntClust5显著富集。TCGA中IntClust4显著富集

3.GermlinepathogenicmutationsinBCpredispositiongenes

BC易感基因的种系致病突变

18.8%(35/)的SMC在13个选定的BC易感基因中至少有一个存在种系突变

BRCA1或BRCA2种系突变在年轻患者中较为丰富。

4.Significantlymutatedgenes

显著突变的基因

与总体和排除小叶癌病例后相比，SMC中TP53突变的发生率显著升高

5.Comparingthelandscapeofgenomicalterations

比较基因组的改变

细胞周期、PI3K/AKT和RTK通路改变最频繁。与TCGA相比，SMC中细胞细胞周期检查点通路改变显著。ERBB2扩增频率较高可能是SMC中ER+/HER2+和HER2+亚型较TCGA富集的根本原因。此外，由于TP53在LuminalB中比在LuminalA中更经常失活，因此在SMC中，LuminalB与LuminalA之间的富集可能是由于TP53突变以及ERBB2扩增的较高患病率

6.Identificationand